В июне 1866 г. обсуждение текста соглашения, в основе которого лежал проект Деака, было прервано начавшейся войной с Пруссией. Конфликт с этой страной назревал неуклонно с приходом к власти в 1862 г. Отто фон Бисмарка, видевшего в военном разгроме Австрии единственный путь к объединению Германии под руководством Пруссии, Бисмарк блестяще использовал как внешнеполитическую изоляцию империи, так и нерешенность ее внутренних проблем.

Все же германский рейхсканцлер переоценил военную мощь Австрии. Именно поэтому в целях шантажа он вступил в сношения с венгерской эмиграцией, намереваясь использовать легион Клапки для вторжения в Венгрию и поднятия восстания, хотя отнюдь не собирался ликвидировать империю. Австрия, однако, оказалась намного слабее, чем предполагал «железный канцлер». В течение одного месяца, после того как прусские войска 3 июля наголову разбили австрийцев под Кёниггрецом (Садовой), итог войны был решен. Победы австрийских войск на итальянском театре военных действий под Кустоццей и флота адмирала Тегетхофа на Адриатике существенного значения не имели.