Стремление Михая использовать положение императорского наместника к собственной выгоде явилось в конечном счете причиной убийства Михая по приказу габсбургского военачальника Джорджо Басты (19 августа 1601 г.).

На втором этапе Долгой войны страдания всех слоев населения Среднего Подунавья достигли наивысшей степени. На этом этапе произошло обострение противоречий между Габсбургами и венгерскими магнатами. На основе приговоров по ложным обвинениям в неверности центральные власти конфисковали в пользу казны имения крупных землевладельцев, в первую очередь протестантов. Положение мадьяр-протестантов резко ухудшилось в результате развернувшейся осенью 1603 г. контрреформации. Очевидна связь бедствий антиосманской войны с начавшимся в октябре 1604 г. в Трансильванском княжестве антигабсбургским        освободительным движением под руководством Иштвана Бочкаи (умер в 1606 г.) Вместо войны Габсбургов с османами на первом плане оказалась борьба всех слоев венгерского общества против власти Габсбургов.