В августе при посредничестве папского нунция было заключено трехмесячное перемирие Рудольфа с Андрашем, Но Андраш не выполнил основного условия перемирия — разрыва с османами. Поэтому королевский двор стал готовить поход против Андраша силами Джордже Басты, командующего войсками северных комитатов, а 4 октября 1599 г. обещал Михаю денежную помощь для нападения на Трансильвании), Видимо, эти обстоятельства ускорили самостоятельное выступление Михая,

28 октября 1599 г. 36-тысячное войско Михая (треть его составляли наемники-секеи) одержало победу над войском Андраша и вступило в столицу княжества. Его власть трансильванское Государственное собрание признало в конце ноября 1599 г. Правление Михая продолжалось до 18 сентября 1600 г., когда он потерпел поражение от войск Басты и восставших венгерских дворян Трансильвании. Стремясь к достижению собственных выгод, Михай действовал от имени Рудольфа. Он именовал себя «воеводой Валахии, советником, наместником Трансильвании и начальником войска» императора (13 ноября 1599 г.). Государственное собрание Трансильвании назвало Михая «милостивым князем Его Величества» (12—15 марта 1600 г.). Неверно утверждение, будто в это время в Трансильвании Михай «стал называть себя в официальных грамотах господарем» Трансильвании и Валахии.